O curso de Mestrado em Ensino de Matemática, oferecido pelo PEMAT, foi aprovado pela CAPES em 2005 e iniciou suas atividades em 2006, com o ingresso da primeira turma de mestrandos.
É objetivo central do curso de Mestrado em Ensino de Matemática introduzir os mestrandos na atividade de pesquisa na área, familiarizando-os com sua literatura recente, suas referências teóricas e metodológicas. Busca-se formar quadros para a atuação em pesquisa em Ensino e História da Matemática e para o magistério superior, especialmente em formação inicial e continuada de professores, e se espera que as pesquisas desenvolvidas tenham impacto significativo na produção de materiais didáticos e de práticas docentes inovadoras para a educação básica. Sendo assim, a grade curricular do curso inclui disciplinas sobre educação matemática, sobre história da matemática, bem como disciplinas de conteúdo matemático.
O tempo máximo de duração do curso de Mestrado em Ensino de Matemática é de 30 (trinta) meses, incluindo diferentes componentes curriculares: